Descifran el genoma de Fusarium chlamydosporum, un hongo que amenaza los cultivos de zarzamora en México

AUTORES

Anton Pashkova ¹, José Pedro Martínez-Hernández ², Alfredo Herrera-Estrella ^{2, 6} , Pablo Cruz-Morales ^{3 , 6}, Nelly Selem-Mojica ^{5, 6}, José Manuel Villalobos-Escobedo ^{4 ,6}

Escuela Nacional de Estudios Superiores unidad Morelia, Universidad Nacional Autónoma de México, Morelia, Mexico.^₁
Unidad de Genómica Avanzada, Cinvestav, 36824 Irapuato, Guanajuato. Mexico.²
Yeast Natural Products, The Novo Nordisk Foundation Center for Biosustainability, Technical University of Denmark, Denmark.³
Tecnológico de Monterrey, Institute for Obesity Research, Ave. Eugenio Garza Sada 2501, Monterrey, N.L., 64849, Mexico.⁴
Centro de Ciencias Matemáticas, Universidad Nacional Autónoma de México, Morelia, Mexico.⁵
The LatAmBio Initiative, Irapuato, Guanajuato, Mexico.⁶

e-mail: jose.villalobos@tec.mx ; nselem@matmor.unam.mx

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Fusarium

En Michoacán —uno de los principales productores de berries del país—, los agricultores han enfrentado pérdidas severas por un enemigo invisible:

Fusarium, el hongo responsable de la marchitez y muerte de plantas completas.

En este estudio, se logró aislar e identificar la cepa causante de la infección en zarzamoras mexicanas, denominada IraGTOF6, perteneciente a la especie Fusarium chlamydosporum.

Este hallazgo es especialmente relevante porque el patógeno más común suele ser F. oxysporum; sin embargo, el aislamiento de una especie diferente sugiere que nuevas variantes del hongo están adaptándose a los suelos locales, lo que podría complicar su control en el futuro.

Para entender su comportamiento, el equipo de investigación realizó el ensamblaje híbrido más completo hasta ahora del genoma de F. chlamydosporum, combinando tecnologías de secuenciación Illumina y Oxford Nanopore.

El resultado fue un genoma de 37 millones de pares de bases, con más de 11,000 genes codificantes de proteínas, una mejora sustancial respecto a los genomas previos, que se encontraban fragmentados.
El análisis comparativo con 88 genomas del género Fusarium ubicó a la cepa mexicana dentro de un grupo evolutivo cercano a F. graminearum y F. pseudograminearum, dos especies de gran relevancia agrícola mundial.
El análisis filogenético basado en ITS y β-tubulina confirmó su identidad dentro del complejo F. chlamydosporum y su separación de F. oxysporum.

Esta divergencia genética sugiere la presencia de mecanismos de virulencia únicos que podrían explicar su resistencia al suelo alcalino y su alta virulencia en cultivos de zarzamora.

Más allá del avance científico, el estudio tiene un impacto directo en la agricultura mexicana: los datos generados servirán para diseñar biomarcadores moleculares que permitan detectar la enfermedad antes de que cause pérdidas, y para desarrollar estrategias de control biológico más sostenibles, reduciendo la dependencia de fungicidas químicos.

El genoma de Fusarium chlamydosporum IraGTOF6 se convierte así en una herramienta estratégica para mejorar la sanidad vegetal, proteger la producción nacional de zarzamora y fortalecer la seguridad alimentaria desde la ciencia mexicana.

Figuras

Fig 1: Es muy probable que IraGTOF6 pertenezca a Fusarium chlamydosporum según el análisis filogenético y los resultados de BLAST.
Fig 2: El ensamblaje híbrido de IraGTOF6 muestra mejoras significativas en contigüidad e integridad sobre NRRL13444.
Fig 3: Análisis filogenómico de Fusarium basado en el núcleo del proteoma, que colocó a IraGTOF6 junto a la especie F. Chlamydosporum

Datos disponibles

NCBI BioProject: PRJNA1213090.
NCBI GenBank: GCA_047716405.1.
Secuencias ITS y β-tubulina (Zenodo): https://doi.org/10.5281/zenodo.14715073.

Referencias del artículo

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Descifran el genoma de Fusarium chlamydosporum, un hongo que amenaza los cultivos de zarzamora en México

Fusarium

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